Пока ничего не известно про вторую часть сиквела Prototype. На выставке VGA Award's 2010 компания Activision презентовала пока только полноценный трейлер. основным действующим лицом будет Джеймс Хеллен, который будет хотеть, больше всего на свете, убить Алекса Мерсера, который в свою очередь разносил всё в клочья в первой части. Начата ли работа над второй частью не знает никто, пока только известно что создатели игры ищут дизайнера уровней для своего детища; проектируют работу над игрой в отрытом мире. На выставке разработчики огласили предполагаемую дату выхода, это 2012 год, число и месяц пока или умалкиваються или скрываются, но если это так то значит работы ещё не были начаты, в любом случае время покажет.
